Cebule przechowuje się w płytkich skrzynkach. U kosaćców cebulowych proces tworzenia się i rozwoju pąków kwiatowych odbywa się w okresie spoczynku, więc po wykopaniu cebul utrzymanie odpowiednich temperatur w przechowalni jest kluczowe dla jakości i terminu kwitnienia w kolejnym roku. Temperatury przechowywania zależą także od przeznaczenia cebul.

Kosaćce holenderskie, ze względu na ich wielostronne zastosowanie, mają najwięcej odmian i opracowań dotyczących wpływu temperatur na kwitnienie. Produkcja szklarniowa wymaga szczegółowego omówienia ze względu na różnorodność zalecanych temperatur przechowywania dla różnych grup i odmian. Informacje te pochodzą z badań dra Władysława Szlachetki oraz holenderskich katalogów firm.

Optymalne temperatury przechowywania cebul przeznaczonych do dalszej reprodukcji wynoszą dla kosaćców holenderskich 20°C, a dla kosaćców hiszpańskich i angielskich: 20°C w lipcu, 17°C w sierpniu oraz 15°C we wrześniu i październiku. Te same temperatury obowiązują podczas przechowywania cebul do pędzenia.

Dla kosaćców holenderskich przeznaczonych do uprawy na kwiat cięty w gruncie należy utrzymywać temperaturę 30°C, a na miesiąc przed sadzeniem obniżyć ją do 17°C. Dla cebul do pędzenia w lutym-marcu temperatury wynoszą 35°C w sierpniu, 30°C we wrześniu oraz 17°C w październiku i listopadzie. Kwitnienie można przyspieszać lub opóźniać, regulując temperatury przechowywania. Wysokie temperatury (25-30°C) hamują rozwój wierzchołka wzrostu pędu kwiatowego, natomiast obniżenie temperatury do 9-13°C na 6-8 tygodni sprzyja rozwojowi zawiązków kwiatowych. Rozkwit odmian Ideal i Wedgewood następuje po 10 tygodniach, a odmian Prof. Blaauw i innych po 12-14 tygodniach. W czasie przechowywania cebul ważna jest stała kontrola wilgotności powietrza i wentylacji, ze względu na wysokość i zmienność temperatur.