Zgorzel naczyń mieczyka, spowodowana przez grzyb Fusarium oxysporum fsp. gladioli, stanowi główne zagrożenie dla mieczyków oraz kosaćców cebulowych. Grzyb ten atakuje cebule pod koniec ich wzrostu w gruncie, szczególnie w czerwcu, powodując szybkie gnicie po wykopaniu. Infekcja następuje przez korzenie z gleby, a młode cebulki są bezpieczne do momentu, gdy ich zewnętrzne łuski nie zbrunatnieją.

W przypadku kosaćców, choroba ta może również pojawić się podczas przechowywania cebul w wysokich temperaturach. Porażone cebule pokrywają się małymi, kremowymi plamami na mięsistych łuskach, które szybko rosną i mięknieją. Łuski matowieją, a wokół plam może pojawić się brunatna obwódka. Choroba postępuje, obejmując kilka łusek, a na cebuli i między łuskami tworzy się pleśniowaty nalot. W końcowym stadium cebula gnije, a łuski zewnętrzne mumifikują się, pokryte zarodnikami.

Rozprzestrzenianie się choroby w przechowalni następuje przez przenoszenie zarodników z cebul porażonych na zdrowe. W początkowych stadiach choroby trudno jest odróżnić cebulę zdrową od porażonej gołym okiem. W uprawie szklarniowej kosaćców wysoka temperatura gleby (powyżej 16°C) sprzyja również wystąpieniu zgorzeli naczyń.

Zapobieganie i zwalczanie tej choroby obejmuje zmniejszenie dawek nawozów azotowych oraz zwiększenie fosforowych i potasowych. Przed sadzeniem zaleca się moczenie cebul w 0,2-0,3% roztworze Benlate oraz dezynfekcję ich zaprawą nasienną lub Sadoplonem 75. Temperatura w przechowalni powinna być obniżona do +10°C, a chore egzemplarze należy spalić. Glebę lub ziemię w szklarni można zdezynfekować przez parowanie lub stosując środki grzybobójcze. Niezalecane jest uprawianie kosaćców przez kolejne 5 lat na glebie, gdzie wystąpiło Fusarium oxysporum.

Zgnilizna twardzikowa hiacynta, spowodowana przez Sclerotinia bulborum, jest chorobą rzadko występującą w Polsce. Objawia się powstawaniem dużych, białych, później brunatnoczaimych przetrwalników na łuskach cebul. Zwalczanie tej choroby polega na usuwaniu i niszczeniu chorych roślin oraz stosowaniu moczenia w 2% roztworze formaliny we wczesnych stadiach choroby, przed zbrunatnieniem plam na łuskach.